Cùng một số tiền đề nghị hoàn, có doanh nghiệp nhận được tiền sau vài tuần, có doanh nghiệp phải chờ qua một cuộc kiểm tra tại trụ sở. Khác biệt nằm ở chỗ hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước hay kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
Việc phân loại này được quy định tại Điều 48 Thông tư 89/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành ngày 30/6/2026, có hiệu lực từ 01/7/2026. Thông tư hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.
NỘI DUNG CHÍNH
Nguyên tắc phân loại: liệt kê nhóm kiểm tra trước, phần còn lại là hoàn trước
Thông tư không liệt kê nhóm được hoàn trước. Thông tư liệt kê các nhóm thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau, và quy định hồ sơ không thuộc các nhóm đó thì thuộc diện hoàn thuế trước.
Cách hiểu này quan trọng khi doanh nghiệp tự đánh giá hồ sơ của mình: thay vì tìm xem mình có được hoàn trước không, hãy kiểm tra xem mình có rơi vào nhóm kiểm tra trước không.
Bốn nhóm thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau
Nhóm một, hồ sơ hoàn thuế lần đầu. Áp dụng cho hoàn thuế GTGT với dự án đầu tư, hàng xuất khẩu, cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hoá và cung cấp dịch vụ chịu thuế suất 5%, các chương trình dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại và viện trợ không hoàn lại; cùng hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt với xăng sinh học.
Nhóm hai, doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế. Đây là hệ quả kéo dài của một lần vi phạm, không phải hình phạt riêng cho hồ sơ hiện tại.
Nhóm ba, hồ sơ hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế. Điểm đáng chú ý là cơ quan thuế có thể tách hồ sơ: phần có rủi ro cao chuyển sang kiểm tra trước, phần còn lại vẫn xử lý theo diện hoàn trước.
Nhóm bốn, hoàn thuế GTGT chưa khấu trừ hết đối với doanh nghiệp, tổ chức khi giải thể, phá sản.
Mười ngày làm việc để giải trình, quá hạn là mất quyền hoàn
Với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, hệ thống thông tin quản lý thuế rà soát và đối chiếu tự động. Nếu cần làm rõ, cơ quan thuế ban hành thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ.
Doanh nghiệp có 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo để gửi văn bản giải trình và tài liệu bổ sung. Hết thời hạn mà không giải trình, hoặc có giải trình nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, cơ quan thuế ban hành thông báo số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế.
Đây là mốc thời gian doanh nghiệp hay để trôi. Thông báo gửi qua tài khoản giao dịch thuế điện tử, nếu không có người theo dõi thường xuyên thì rất dễ quá hạn.
Số thuế được hoàn sẽ bị bù trừ với tiền thuế nợ
Cơ quan thuế thực hiện hoàn kiêm bù trừ: số thuế được hoàn sẽ được dùng để bù trừ với tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ của doanh nghiệp trên hệ thống thông tin quản lý thuế.
Phạm vi bù trừ rộng hơn nhiều doanh nghiệp nghĩ. Nó bao gồm cả tiền thuế nợ của mã số thuế nộp thay; tiền thuế nợ do cơ quan hải quan cung cấp; và trường hợp đơn vị phụ thuộc có số thuế được hoàn thì phải bù trừ với tiền thuế nợ tại trụ sở chính, và ngược lại.
Nghĩa là trước khi tính toán dòng tiền từ khoản hoàn thuế, doanh nghiệp cần đối chiếu toàn bộ nghĩa vụ thuế còn nợ của mình, kể cả ở đơn vị phụ thuộc và ở khâu hải quan.
Bốn việc nên làm trước khi nộp hồ sơ hoàn thuế
Đối chiếu hồ sơ của mình với bốn nhóm kiểm tra trước để biết trước hồ sơ sẽ đi theo luồng nào, từ đó dự trù thời gian nhận tiền cho đúng.
Nếu là hồ sơ hoàn lần đầu, chuẩn bị sẵn tài liệu cho một cuộc kiểm tra tại trụ sở thay vì chờ có quyết định kiểm tra mới bắt đầu tập hợp.
Cắt cử người theo dõi tài khoản giao dịch thuế điện tử hằng ngày trong thời gian chờ giải quyết hồ sơ, để không bỏ lỡ mốc 10 ngày làm việc.
Rà soát toàn bộ tiền thuế còn nợ, bao gồm cả đơn vị phụ thuộc và nghĩa vụ với cơ quan hải quan, để biết số tiền thực nhận sau bù trừ.
Nguồn dẫn chứng
Điều 48 và Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính, ban hành ngày 30/6/2026, hiệu lực từ ngày 01/7/2026. Thông tư quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.
Cần hỗ trợ hồ sơ hoàn thuế?
Catachi nhận rà soát và tư vấn trực tiếp cho từng tình huống của doanh nghiệp, hộ kinh doanh. Xem thêm dịch vụ kế toán thuế trọn gói hoặc gọi hotline 090 19 19 449.
Nội dung mang tính tham khảo, Quý khách vui lòng liên hệ Catachi (090 19 19 449) để được tư vấn cụ thể theo tình huống thực tế.